哈瓦那医科大学隶属于古巴卫生部，1728年始建为教会学校，为哈瓦那大学的医学院。学校的医学课程主要分布四个方面：生理学、病理学、解剖学和治疗学，研究课程按西方医学的分类进行。直到1976年，哈瓦那医科大学从哈瓦那大学中分离出来，独立成校，专门从事医疗领域的本科生和研究生培养。
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