MERS病毒感染没有特效的抗病毒药物，也没有特效的治疗方法，治疗的基本原则是根据患者病情严重程度评估确定治疗场所。对于疑似临床诊断和确诊病例，应在具备有效隔离和防护条件的医院隔离治疗。危重病例应尽早的收入重症监护病房治疗，转院过程中要严格的采取隔离、防护措施，患者应注意卧床休息，进食易消化、营养丰富的饮食，多饮水。
当患者体温减退，大量出汗后可给患者喝盐水，维持水电解质平衡，避免用力和剧烈咳嗽，密切观察病情变化，定期复查血常规、水电解质、肝肾功能、心肌酶、胸部X光片。根据血氧饱和度的变化及时给予有效的氧疗措施，包括鼻导管面罩给氧，必要时要进行无创或有创的通气措施。重症和危重症病例的治疗原则是在对症治疗的基础上防治并发症，并进行有效的器官功能支持，包括呼吸支持、循环支持、肝脏、肾脏支持等。有创机械通气治疗效果差的危重症病例，有条件的医院可实施体外膜氧合支持技术。
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