深度水解奶粉是指利用一些加工的工艺，使奶粉中的大分子蛋白分割成小肽链的小分子蛋白，这样有利于肠道的消化吸收。这种奶粉通常应用于牛奶蛋白过敏的孩子，或者患有嗜酸性粒细胞介导的小肠结肠炎的孩子。
孩子长时间喝这种奶粉，对于胃肠道的功能发育是不利的，所以临床上一般建议在应用8~12个月之后，可以逐渐过渡到部分水解奶粉或者正常配方奶。如果深度水解奶粉仍然不能改善孩子的症状，则需要进一步替换为氨基酸奶粉，这样才能够完全缓解孩子牛奶蛋白过敏的一些症状。
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