不同的脑炎预后是不同的，有的致死率比较高，有的经过积极有效的治疗之后可以战胜病魔，但是会留有一定的后遗症，比如单纯的疱疹病毒性脑炎，它的预后就取决于疾病的严重程度和治疗是否及时，其死亡率也可以高达60%到80%，拥有10%的患者会遗留有后遗症，包括不同程度的瘫痪、智力减退、语言含糊不流利等等。
亚急性的硬化性全脑炎与进行性的风疹全脑炎，目前还没有特效的治疗方法，患者多在短时间内可能会出现死亡，化脓性脑膜炎和结核性脑膜炎其病死率和致残率都比较高。
后遗症包括智力的减退、癫痫、脑积水以及共济失调、行走不稳，因此不同类型的脑膜炎要么患者治疗无效而死亡，要么就是挽救了生命，但是遗留有智力障碍、语言功能障碍和运动功能障碍等后遗症。
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