男性尖锐湿疣的治疗需根据病情程度选择合适的方式，多数患者可局部或全身药物治疗。
药物无效的患者可尝试物理治疗，顽固性患者需手术治疗，多数患者的治疗周期为3个月左右。
一、药物治疗
1、氟尿嘧啶：本品为嘧啶类的氟化物，属于抗代谢抗肿瘤药，能抑制胸腺嘧啶核苷酸合成酶，阻断脱氧嘧啶核苷酸转换成胸腺嘧啶核苷核，干扰DNA合成，使细胞代谢坏死，赘生物脱落。
胃肠道反应有食欲不振、恶心、呕吐、口腔炎、胃炎、腹痛及腹泻。
2、干扰素：具有抗病毒、抑制细胞增殖、调节免疫及抗肿瘤作用。
可以全身应用，适于病灶范围较大的患者。
不良反应主要是发热、疲乏、肌痛、头痛等流感样症状。
3、足叶草毒素酊：主要是局部用药，以牙签或玻璃棒蘸药液后，先滴一滴，干后再滴，使药液覆盖病损，保留1~6小时，随后以肥皂和水洗净，病变部位周围以凡士林保护，避免药液污染。
注意口服本品300mg即可致死。大面积外涂、过量涂搽、较长时间涂用可发生严重毒性反应，可增加系统中毒的危险。外用可发生肾功能衰竭和肝脏中毒，需在医生指导下严格按照剂量使用。
4、咪喹莫特霜：睡前取适量咪喹莫特药膏，均匀涂抹一薄层于赘生物部位，轻轻按摩直到药物完全吸收，并保留6~10小时，用药部位不要封包。
局部皮肤反应例如红斑、糜烂、剥脱和水肿常见。严重的皮肤反应一旦发生，用药部位应用弱碱肥皂和水将乳膏剂洗掉。
二、手术治疗
手术切除治疗：适于顽固性患者，医生选择用手术刀切除病变部位。
切掉赘生物之后，取决于切除面积进行缝合处理。
手术通常较小，多无后遗症。
三、物理治疗
1、冷冻治疗：适于病灶较小的患者，但疼痛明显。医生会用液氮冷冻赘生物，破坏组成的细胞，之后用酒精棉片清洁患处。
装有液氮的涂药器尖端置于每个冷冻赘生物上，直到周围5毫米的皮肤都被冷冻。之后再冷冻30秒到皮肤发白，然后进入融化期，等待皮肤恢复原本的颜色。
在24小时内，患处上面会形成一个小水疱。75%~80%患者在接受2~4次治疗后，赘生物就会完全消失。
2、电烧治疗：医生会先为患者做局部麻醉，然后用电针将高频电流导向赘生物，加热切除。
结束后剧烈疼痛者可服用止痛药，电烧能有效治疗阴茎体上数量比较少的赘生物。
3、二氧化碳激光治疗：二氧化碳激光对治疗复发病例尤其有用，可行门诊手术，创伤小。需局部麻醉避免疼痛或不适。
二氧化碳激光可彻底清除残存的病灶组织，效果较好，多无副作用。
4、光动力治疗：适合疣体较小者、尿道口尖锐湿疣以及采用物理治疗或外用药物去除疣体后预防复发治疗，通过用光敏药物湿敷于患处，然后用一定强度的红外线照射，红外线与药物发生光动力学反应，达到治疗效果。
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