中药秘方申请专利，有五个步骤，具体如下：
1、提交申请。申请人确认专利文件后，当天向国家知识产权局提交申请；
2、专利申请受理；
3、专利申请初步审查和实质审查；
4、专利申请授权；
5、专利申请发证与办理登记手续。
申请材料中需要包含以下内容：
1、药方的组成，各个组分的含量；
2、药物的制备方法；
3、药物的使用方法和有效剂量；
4、药效学试验报告，临床试验总结。
《中华人民共和国专利法》
第十六条 申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。
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