1、消化不良和返流性胃炎
胆囊至少具有储存、浓缩和收缩的功能。当然还具有复杂的化学和免疫功能。
胆囊能将稀薄的肝胆汁浓缩30倍，储存于胆囊，进食高脂饮食时，将胆汁排入肠道参加消化。
若切除胆囊，患者进食高脂饮食时，已无高质足量的胆汁相助，身体只好耐受腹胀、消化不良、腹泻之苦。
但是此症状常被外科医师忽略，推至消化内科就诊，成为内科难治的“顽症”。不仅如此，对于胆囊切除术后十二指肠肠液胃返流和胃液返流的报道很多。
2、胆囊切除术后导致胆管损伤的问题
众所周知，胆囊切除术有一定的胆管损伤率；且有一定的死亡率，早期为5%-8%，仍有0.17%。
手术损伤包括：胆管损伤、肝管损伤、血管损伤、胃肠损伤等。
在胆管损伤病例中，因胆囊切除引起者占75%。以美国为例，每年行胆囊切除术约50万例，如此每年将有成千上万例胆管损伤发生。
我国人口众多，胆囊结石切除病例应在美国之上，特别是还有一定的死亡率，如果认真计算胆囊切除带来的危害，定会不寒而栗！
我国胆道外科大师黄志强院士大声疾呼：胆管损伤是胆道外科医师“永远的痛”！做为一名普外科医师无法回避胆管损伤的问题！永远无法淡忘胆管损伤患者的绝望和痛苦的面容！与胆囊切除相比，保胆取石根本不可能伤及胆囊周围器官，加之，考虑到胆囊切除带来的生理缺陷和免疫功能的影响，如果草率选择胆囊切除治疗胆囊结石，应该慎重考虑。
3、胆囊切除术后胆总管结石的发生率增高
临床常见胆总管结石的病例多有胆囊切除的病史，切除胆囊患者和未切除胆囊患者，胆总管结石的发病率是2∶1。分析结石形成的原因，以“流体力学”的原理解释最为合理。
在胆囊切除以后，胆囊对于胆总管内的流体压力失去了缓冲作用，导致胆总管内压力增高，引起代偿性扩张，从而胆总管内的胆流发生旋涡或涡流，这是形成胆石的重要学说。
如此，胆囊切除避免了术后胆囊结石“复发”之虞，却招来“生长胆总管结石”之祸，哪种结石最具危险，孰轻孰重，不言而喻。
4、胆囊切除术对结肠癌发病率的影响
许多欧洲从事结肠癌研究的学者发现一种现象和疑惑，即患结肠癌的病例中许多病例都有胆囊切除史。Moorehead分析了100例60岁以上胆囊切除患者，术后12例患结肠癌；
而未行胆囊切除的100例患者中术后仅3例患结肠癌。
关于胆囊切除与结肠癌的关系，肝脏分泌出的胆酸为初级胆酸，它与结肠中的大肠杆菌作用生成次级胆酸。胆囊切除术后次级胆酸大量增加，该物质能刺激结肠粘膜的有丝分裂增强倾向，使结肠癌的发生率增高，升结肠癌尤著。
5、胆囊切除术后综合征
以往“胆囊切除术后综合征”这一名词是一个模糊概念，随着现代ERCP和MRCP影像学诊断技术的进步，排除了胆道术后残余结石、胆管损伤等误诊，只有胆道术后发生的Oddi括约肌炎症和运动障碍方能称得上“术后综合征”，临床上治疗甚感困难。
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