去除扁平疣没有最好的方法，需根据个人情况进行选择。
可采取药物治疗，包括局部外用药物以及全身用药，也可选择物理疗法。
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所致，多数情况下都可以应用药物治疗，可选择局部外用药物，如硝酸软膏、维A酸软膏、咪喹莫特软膏等。这些药物能起到促进疣体剥脱的作用，尽快缓解症状。
部分扁平疣会反复发作，与个人身体免疫力低下有关，可以在医生指导下使用免疫调节剂，如注射用胸腺五肽、盐酸左旋咪唑片、卡介菌多糖核酸注射液等。这些药物能够提高身体抵抗力和免疫力，减少扁平疣的复发率，
去除扁平疣也可以采取物理疗法，常用的是冷冻治疗、电灼治疗以及激光治疗等。
冷冻治疗是利用液体氮来破坏疣体，使用体发生坏死和脱落，需多次重复治疗。
电灼治疗是在距离皮肤1~2毫米的位置利用有效电极释放电火花，灼毁疣体。
激光治疗常用的是二氧化碳激光，虽然能去除疣体，但有可能会导致疼痛或留下疤痕。
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