上海申花足球俱乐部成立于1993年12月10日，是中国第一家完全脱离体委、足协等政府行政机制的职业足球俱乐部。俱乐部的第一任主教练徐根宝提出“抢逼围”的口号，力争改变传统的上海足球技术意识出色但身体拼抢吃亏的情况。1995年，这一举措获得了巨大的成功，申花取得了联赛十连胜，提前两轮夺得联赛冠军，并涌现出了范志毅、谢晖、祁宏、吴承瑛等一大批著名球星。
1997年，俱乐部为了改变球队的打法，开始坚持聘请外籍主教练，其中包括拉扎罗尼、伊利亚·佩特科维奇等曾带队参加世界杯决赛圈的主帅，以及获得过欧洲冠军杯的柳普科·彼德洛维奇。不过申花在此期间始终未能压倒当时中国足坛的霸主大连队，最终只获得了四个联赛亚军和一个足协杯。
2002年，俱乐部产权发生第一次重大变化以上海文广集团为首的六家上海大型国有企业接手俱乐部，重新聘请徐根宝出任主帅，并补充了杜威、于涛、孙祥等年轻球员。
2003年，申花以一分优势压倒国际，夺得了联赛改制前最后一届甲A联赛冠军。
2007年赛季开始前，另一支中超球队上海联城的投资人朱骏收购申花俱乐部，将两支球队合并，并将俱乐部更名为上海申花联盛足球俱乐部。
2008年赛季中段，贾秀全接替吴金贵成为执行教练。换帅后的球队打出了多场惊心动魄的比赛，既有两次0-2落后逆转取胜，又在最后一轮的联赛中，球队两次领先但却错失了取胜机会，最终与冠军失之交臂，获得了十五年内的第八个联赛亚军。
赛季结束后，俱乐部宣布贾秀全将留任，并向全球招募技术总监和总经理，备战2009年联赛和亚洲冠军联赛。其中技术总监一职是第一次出现在中国足坛，最终由原埃因霍温技术总监荷兰前国脚法尔克斯担任。而俱乐部总经理则是2007赛季的前主教练乌拉圭人吉梅内斯，申花也成为中国足球历史上第一个聘任外籍总经理的俱乐部。
2009年，申花继续聘用贾秀全出任球队主教练。外援方面引进了白俄罗斯球员瓦切斯劳·赫莱布以及入选过澳大利亚国家队的马克.米利甘。可惜整个赛季球队战绩起伏不定，始终在8至4名之间徘徊。虽然联赛最后一轮申花在主场2：1战胜了长沙金德，可惜积分仍未能超越山东鲁能，最终只能屈居联赛第5，无缘下赛季亚冠赛事。
2010年，申花聘请了曾经带领克罗地亚闯入世界杯四强的名帅布拉泽维奇出任球队主帅。同时引进了吴曦、冯仁亮、宋博轩等一批年轻球员，着力打造一支年轻化的球队。在布帅的带领下，申花青年军整个赛季发挥出色。联赛上半段一度在积分榜上排名第一，最终在赛季结束时获得联赛第三名，并收获了2011赛季的亚冠资格。同时，申花阵中的外援前锋里亚斯科斯也以20粒进球收获了赛季最佳射手荣耀。
2011年，本土教练奚志康出任申花主教练，同时在球队建设上延续了上个赛季的思路，继续着力培养年轻球员。赛季初期依靠几名小将的出色发挥以及两名外援前锋的连续进球，申花一度占据联赛三甲。可惜随后宋博轩和邱添一先后遭遇严重伤病，球队也遭遇了连续多场不胜，战绩一路下滑。联赛中期申花聘用上赛季球队助教拜塞克出任主帅。联赛最后几轮申花重新找回状态，在主场先后绝杀杭州绿城和北京国安，最终以第11名结束2011赛季。
1993年12月10日，上海申花足球俱乐部正式成立，俱乐部实行董事会领导下的总经理负责制，总经理为孙春明，董事长为郁知非，首任主教练为徐根宝。1999年年底，申花俱乐部重组，变成一家股份制俱乐部，申花俱乐部与申花公司脱钩，郁知非任申花俱乐部总经理。
职业联赛之前上海队先后由方纫秋和王后军担任主教练，全队集训地点是上海江湾体育场，住宿和伙食条件均不尽如人意。上海队曾经先后以阿克发等品牌冠名，1994年成立职业俱乐部之后，半数主力队员离开球队。
一九九二年，中国国奥队兵败吉隆坡；一九九三年，中国国家队再败于伊尔比德。中国足球走入前所未有的低谷，国家体委在此严峻的形势下，酝酿足球体制的改革，大胆推出职业足球俱乐部制，推行足球协会实体化，推行全国职业足球比赛，从根本上改革我国足球运动的管理体制、训练体制和人材体制，改进训练机制，提高训练质量，提高比赛水平。将足球改革当作全国体育改革的突破口。
上海足球在此之前虽说在全国尚处于较前列位置，但始终未有质的突破。自1985年开始，尝试厂队联办，但一路坎坷，年年更名。1991年，时任上海黄浦区区长的陈良宇，促成了上海足球队与上海申花集团公司的合作，当年上海足球队以上海申花队的名义参加全国比赛，夺得了联赛亚军和全国锦标赛的冠军。
在此大背景下，申花集团在策划着如何以更积极的姿态投身于中国足球的改革大潮中去。
1993年12月10日，经过充分准备，上海申花足球俱乐部宣告成立。
新成立的申花俱乐部一改过去厂队联办的模式，不再是由政府包办的翻牌俱乐部，而是“企业主办、政府支持、全社会关心”，实行董事会领导下的总经理负责制，俱乐部是一个具有独立法人资格的实体。
申花俱乐部成立伊始，采取了一系列在当时较为前卫的措施，如特意聘请了两位长期关心和重视足球的上海市领导――市委副书记陈良宇、副市长龚学平担任俱乐部的名誉顾问；聘请中国足坛的风去人物徐根宝为主教练；针对俱乐部教练员和运动员的收入待遇，制订了《聘用、工资待遇、奖励和惩罚、解聘的暂行规定》，按照“基本工资加高奖金”的原则，并与比赛成绩紧密挂钩。
申花俱乐部在自身建设方面，始终从高从严要求。申花名誉顾问、市领导陈良宇、龚学平同志高瞻远瞩，将申花队的建设，作为上海市社会主义精神文明建设的一个方面、一个窗口。明确提出“四个一”，即“一流的城市要有一流的球队,球队要有一往无前的精神，压倒一切的气势”。（后来，为了促使申花俱乐部向更高水平发展，陈良宇同志又提出了“要在世界一流足球俱乐部中占有一席之地”，即市领导对俱乐部要求的“六个一”）为将申花建成一流的俱乐部，94年底，俱乐部成立了党支部，95年初，面向全国公开招聘领队。
终于，1995年11月5日，上海，一千三百万人民，阔别三十四年之后，亲吻冠军杯。
1994年和1995年，在徐根宝的带领下，申花队形成了“抢逼围”的风格，对当时的中国足坛带来很大冲击，申花队被称为“激情之旅”，在95年创下了十连胜的佳绩并勇夺当年甲A联赛冠军。范志毅表现出色，并涌现出申思，吴承瑛，祁宏，朱琪等一批优秀年轻球员，形成了申花队的主力阵容，一批优秀球员先后入选国家队
为了探索一条适合中国国情的足球发展之路，申花足球俱乐部始终在进行不懈的努力。无论是引进外籍球员，还是外籍教练；无论是球队建设还是俱乐部经营模式，申花都本着“领先一步”的追求，进行一些有益的尝试。1996年，申花足球队在甲A赛场上遭受七连平，而当年未能卫冕。俱乐部领导毅然决定引进国外先进的足球思想，不惜重金聘请外籍教练，于是，保加利亚的斯托伊科夫、波兰的安杰依，相继踏上中国的土地，入主申花。尽管他们未能重铸申花九五年的辉煌，但他们对申花由“抢逼围”风格向技术风格的转变起到了积极作用。虽说他们未能达到俱乐部预期的目标，但申花人向世界足球先进思潮靠近的初衷未改，申花人仍坚定不移地引进外籍高水平教练，这个作法本身得到了包括中国足球协会在内的国内有识之士的首肯。
1998年，巴西著名俱乐部圣保罗足球俱乐部前主教练墨里西执教申花，并率领申花队夺得了第一个足协杯冠军。
“欲穷千里目，更上一层楼”，墨里西之后，被誉为“巴西足球改革之父”、90世界杯巴西国家队主教练拉扎罗尼进入了俱乐部领导视野。1999年1月25日，拉扎罗尼成为中国足坛名气最大、资历最深的世界级教练。
1999年申花队成绩全面滑坡，但在2000年，申花队成功开始二次创业，聘请南斯拉夫教练彼得洛维奇担任球队主教练，在2000年赛季中，上海队出人意料地再次获得联赛亚军，随后彼得洛维奇离开申花，南斯拉夫现任国家队主教练佩特科维奇将出任2001赛季申花队主教练。
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