1894年9月生于长汀县河田镇伯公岭村。傅连暲因父母流落到汀州城谋生，从小随父母加入了基督教会并入读教会学校。
1911年中学毕业后入汀州福音医院附设的“亚盛顿医馆”。
1915年冬“医馆”毕业，被聘为汀州八县旅行医生、汀州红十字会主任医师、福音医院医生和“亚盛顿医馆”教员兼汀州省立七中与汀州女子师范学校校医。
1925年“五卅”惨案发生后，签名通电反对英、日帝国主义，被推举为福音医院院长。
1927年9月南昌起义军途经汀州时，发动汀州所有医务人员成立“合组医院”，无偿医治徐特立、陈庆等300多名伤病员。此后，以其社会职业作掩护，积极从事革命工作。
1929年3月，红四军入闽解放汀州城后，领导福音医院大量收治红军伤病员。
1931年后，在汀州先后创办中国工农红军中央看护学校、中央红色医务学校，并任校长，为苏维埃政府和红军培训了一大批医护人含缓员。
1933年初参加红军，将原福音医院迁至瑞金改建为中央红色医院，任院长。此后，兼任中华苏维埃共和国国家医院院长。
1934年10月带病参加长征。长征途中，克服重重困难，为红军伤病员服务，为女红军接生，还为周恩来、朱德、刘伯承等中央领导治病保猜老消健。过草地时，还举办了一个医疗培训班。
到达陕北后，于1937年1月奉命在延安组建中央苏维埃医院，任院长。
1937年红军整编后，任陕甘宁边区医院院长。
1938年9月，经毛泽东和陈云介绍参加了中央党训班，后被批准加入中国共产党。同年冬穗知担任中央总卫生处处长兼中央医院院长。
1945年5月参加了中国共产党第七次全国代表大会10月任中央军委总卫生部副部长，并继续负责中央领导的保健工作。
新中国成立后，任中央卫生部副部长，中央军委总后卫生部第一副部长。
1950年8月，当选并连任三届中华医学会理事长。是中国共产党第八次全国代表大会代表，全国政协第二、第三届常务委员。
1955年被授予中将军衔、二级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。
“文化大革命”中，遭受林彪、江青集团的残酷迫害，1968年3月29日含恨死于秦城监狱。
1973年11月，经毛泽东批示，并经解放军总政治部批准，追认为革命烈士。
1975年7月经中央军委批准恢复名誉。9月，解放军总后勤部为他举行了安灵仪文。
1978年11月22日，经党中央批准，总后勤部在首都体育馆召开万人大会，公开为傅连暲平反昭雪，恢复名誉。
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