无间道 第一部：
佛经里说，无间是八大地狱之中最痛苦的一个。两个身份都本不该属于自己的人，他们如同生活在一个类似无间地狱中，做梦都怕别人拆穿自己的身份。
这个世界里，角色的茫然成了探讨的根源：到底什么才是生活的道理、做人的道理？无间地狱没有轮回，只有永远受苦，但片中两位主角却不甘于此。两个身份混乱的男人，他们分别为警方和黑社会的卧底。现在他们决心要离开这个不辨是非的处境，离开无间地狱，寻回自己。
无间道 第二部：
故事由十年前陈永仁与刘健明在警校大门外擦身而过开始。
1991年，香告缺港黑帮龙头大佬倪坤突然被枪杀，手下四大头目伺机发难坐大，一场惊心动魄的江湖斗争即将展开。只有新晋的韩琛(曾志伟)一人仍忠于倪家。另外，重案组督察黄志诚(黄秋生)及陆启稿友隐昌(胡军)亦紧密步署防范。
不过，倪家第二代倪永孝(吴镇宇)虽是个毫不起眼的会计师，但城府极深，谁也想不到竟凭他一己之力，不费一兵一卒便牵制住四大头目，成为新任龙头。
黄志诚对他起了戒心，派警校毕业生陈永仁(余文乐)渗入倪家进行长期的卧底计划。另一方面，韩琛为巩固势力，亦早已安排手下刘健明(陈冠希)考进警察部通风报讯。
三年后，陈永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要职。刘健明亦凭韩琛提供的情报在警队扶摇直上。而倪永孝事业一帆风顺，社会地位日渐提高。野心勃勃的他决定将五大头目一举歼灭，令自己安枕无忧。一夜之间，曾经背叛家族的四大头目同时被杀，韩琛亦在泰国受袭，下落不明。
无间道 第三部：
陈永仁(梁朝伟饰)被杀后许久，刘建明(刘德华饰)也被警队内部调查，因此被派做没有权利的事务性工作。
而与妻子MARY的婚姻破裂，使得身心俱疲的刘建明，每日的生活十分痛苦。而警队内，一颗明日之星正在崛起——不到四十岁的年轻警司杨锦荣(黎明饰)一步一步迈向警队高层，刘建明忽然想起了以前的自己。
一次机缘，刘建明与杨锦荣成为好友，却发现杨锦神秘的一面，于是他开始了调查键厅杨锦荣的过程，却因为始终得不到最终的答案，开始对自己产生怀疑。
陈永仁作卧底跟随韩琛(曾志伟饰)已有两年的时间，为了得到他的信任不惜以身试法，一次又一次犯上而且违背自己的愿意。
上司黄志诚(黄秋生饰)这样的局势没有办法控制，陈永仁也渐渐迷失了自己，于是警署让他去找专门的心理医生李心儿(陈慧琳饰)治疗。
在催眠治疗期间，陈永仁泄露了自己真正身份，李心儿半信半疑间，对陈永仁的个性和背景发生了兴趣。她想去了解他，帮助他，走进他的内心，而陈永仁也只有在李心儿的诊所里才能找回最真实的自我。
刘建明和陈永仁这对卧底冤家在无间道的路上远走越远，一个也走向天堂，另一个走向地狱，在终极无间的道路上复杂多变，难以捉摸。
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