临床上造成腹泻的原因有很多。最多见的是由于肠道感染造成的，比如说病毒、细菌以及寄生虫感染。多见的有致病菌有轮状病毒、柯萨奇病毒、大肠杆菌、沙门菌、痢疾杆菌以及阿米巴原虫。此外一些肠道非感染性炎症疾病也可以造成腹泻，比如说克罗恩病、溃疡性结肠炎、缺血性结肠炎等。
肠道吸收不良和功能障碍也是造成腹泻的一种原因，比如说胃肠功能紊乱、小肠吸收不良、肠易激综合症、激燥性大肠症候群等。除了胃肠道疾病以外，某些全身疾病也可以造成腹泻的表现出，如甲状腺功能亢进、慢性肾上腺皮质功能减退、系统性红斑狼疮等。
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