经颅磁刺激仪在精神科可以对多种精神障碍有效，经过重复经颅磁刺激治疗，可以作为多种精神障碍的物理治疗方法，它可以是多种疾病的适应症，临床上最常用的是对抑郁症的治疗。
抑郁症经过经颅磁刺激治疗之后，往往会有明确的临床症状的好转，同时重复经颅磁刺激治疗，还可以应用精神分裂症、幻听及阴性症状的治疗，并初步取得了一定的效果，治疗幻听症状，刺激的部位可以为左侧颞顶叶和右侧背外侧额叶，同时这种治疗方法可以用于双向情感障碍或者是焦虑障碍以及睡眠障碍的治疗，重复经颅磁刺激用于改善认知障碍方面作用也是比较明显。
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