益生菌进入肠道，促进肠道菌群正常化，抑制肠道腐败物质的产生，维持肠道的正常功能。益生菌可以促进人体对食物的消化和吸收，可显著降低乳糖浓度，产生乳菌，有利于人体对营养物质的消化吸收。益生菌可以提高人体的免疫力。
益生菌进入肠道，可直接影响人体的免疫系统，诱导肠道免疫，刺激人体的免疫器官胸腺、脾脏，促进巨噬细胞的活力，发挥特异性免疫应答，增强机体的免疫功能。
益生菌可以预防癌症抑制肿瘤的生长。益生菌进入肠道，会降低肠道内的ph值，刺激肠道的蠕动，使肠道致病菌和致癌物质排出体外，降低癌症的发病率。益生菌还可以降低过敏反应。研究表明人体肠道内的益生菌越多，发生过敏的几率就越低。
益生菌还可以预防和治疗肥胖症：因为益生菌可以降低机体内对胆固醇的吸收，促进排泄物的排泄。益生菌可以改善胰岛素的敏感性，降低胰岛素抵抗，进而达到预防糖尿病的作用。
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