复旦大学附属闵行医院创建于1969年。1995年成为二级甲等综合性医院。2000-2014年为上海瑞金医院集团成员单位。2014年闵行区人民政府与复旦大学合作共建，筹建复旦大学附属医院。2017年签约组建“中山医院-闵行区中心医院闵行医疗联合体”，成为复旦大学附属中山医院闵行分院。2018年正式列为复旦大学附属医院。2020年成为三级乙等综合性医院。经过50余年的发展，医院现占地面积5.89万平方米，建筑面积10.74万平方米。全院核定床位800张，实际开放床位1000余张。拥有3.0T核磁共振、第三代双源CT（FORCE）、飞利浦FD20 DSA机等大型医疗设备。
医院科室设置齐全，现有临床、医技科室43个。
2019年门急诊290万人次，出院5.1万人次，手术3.1万人次，平均住院天数7.01天。现有职工2000余人，其中专业技术人员1400余人，中高级职称近800人，博士、硕士300余人，近300人取得教师资格证书。
2013年经国家食品药品监督管理总局批准，医院取得药物临床试验机构资格（GCP），现有专业组10个。
心内科、急诊科、妇科、内镜中心、药剂科先后成为上海市医学重点专科，内镜中心、骨科为闵行区大学科（在建），还有多个区特色专科，同时医院仍在不断加大院级重点学科建设力度。
医院急诊力量雄厚，2009年被认定为上海市急性创伤急救中心，2018年通过全国胸痛中心认证，也是闵行区脑卒中临床救治中心，2019年获批成立上海市卫健委消化肿瘤全周期监测与精准干预重点实验室。与复旦大学共建以来，建成上海市医疗系统首家、体制内首家院士专家工作站，顾玉东、周良辅和葛均波三位院士带领专家团队来院指导。医院还加入了复旦大学儿科、妇产科医联体，建立宫颈疾病诊治专科-红房子专家团队工作室。医院还建成了周平红教授“大国工匠”内镜工作站，复旦大学生物医学研究院闵行分院、复旦大学生物医学研究院康复医学研究中心、上海市临床生物信息研究所肿瘤生物信息研究中心、上海市消化内镜工程技术研究中心闵行分中心、上海复旦临床病理诊断中心-闵行区疑难病理会诊平台。
医院还是“全国综合性医院中医药工作示范单位”。目前签约64名来自复旦大学附属中山医院、华山医院、妇产科医院、儿科医院等特聘顾问、学术主任，服务百姓同时带动医院发展。
2014年至今，医院共取得国家自然科学基金项目27项、上海市科委基金18项，上海市卫健委项目22项，闵行区科委项目137项。
荣获国家级科学技术进步奖二等奖1项，上海市科学技术进步奖二等奖1项，上海医学科技奖三等奖2项，上海市科委青年英才扬帆计划2人，上海市银蛇奖提名奖1人。
2014年至今共发表核心期刊论文1000余篇，SCI论文近300篇，获得国家发明专利授权2项，实用新型专利授权6项，举办国家级继续教育项目43项，上海市继续教育项目20项。
2014年成为复旦大学研究生培养单位，现有复旦大学博士研究生导师6名，硕士研究生导师14名。医院是上海市第一批住院医师规范化培训基地，现有专业基地10个。
医院承担了复旦大学、温州医科大学的本科生理论授课工作以及复旦大学、上海中医药大学、温州医科大学等多所医学院校的本科生实习任务。
医院积极响应医改号召，加强区域医疗联动，推进资源整合，设立区域会诊中心，承担周边7家社区卫生服务中心的业务帮扶工作，开展PACS、MUSE、眼底镜会诊等业务协作，协助管理双向转诊床位110余张。
医院积极完善与120院前院内急救联动机制，实现急救无缝衔接。积极参与承担援摩、援疆、援滇等医疗任务。医院还承担了多项国家级、市级重大活动的医疗保障工作，是进博会定点医院。
1997年起，连续荣获“上海市文明单位”和“上海市卫生系统文明单位”称号。医院现已成为立足闵行、辐射上海市西南区域的医疗中心。
医院将充分发挥复旦大学附属医院的品牌、管理、技术和人才优势，全面提升医疗、教学和科研能级，建设成为基础学科较为齐全扎实，特色专科优势较为明显，管理精细、服务优良的三级综合性医院和区域医疗中心。
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