1983年，在女儿雪柔·梅森的提议下，哈里·梅森开车带她前往寂静岭度假。在山路中，一个警察开着摩托超过了他，然而不久之后他看到摩托车倒在了路边，却不知道警察在哪里。当他扭过头看前方时，一个人影突然出现在路中间，为了避免撞到那个人，他赶紧猛扭方向盘而导致车祸。
哈里从昏迷中醒来，看看副驾驶座，雪柔不见了。周围大雾弥漫，能见度极低，更诡异的是，明明是温暖的天气，雪花却缓缓从空中飘落。
哈里在寻找女儿的过程中，遇到了前来调查寂静岭警局失联事件的女警西玻·班内特（Cybil Bennett）。他发现整个小镇的道路都被悬崖峭壁阻断了，明明是个观光小镇，却一个人也看不到，而且到处都是诡异的怪物。哈里遵循着在探索过程中发现的线索来冲则到学校寻找女儿， 然而解开学校里的几个谜题之后，他发自己来到了另一个世界（里世界）的学校。在学校锅炉房击败了被召唤出来的怪物后，哈里见到了一个少女，少女在他眼前突然隐去，之留下了一条钥匙。 哈里发现自己回到了表世界的学校，并且听到了教堂的钟声。哈里去到了教堂，见到了一个老修女。修女告诉他，她已经通过【圆阵取字】得知他会来，而且知道他在找女儿。她要求哈里带上一个可以破除黑暗的名叫弗劳洛斯（Flauros）的三菱锥法器去医院。
哈里赶到医院，遇到了一个名叫迈克尔·考夫曼的医生（Michael Kaufmann），医生似乎也不知道小镇发生了什么事，也没有见过雪柔，然后他就离开了。 哈里穿过医院那不存在的4楼的走廊，来到了里世界的医院。他发现在诊查室似乎有人在里面，经过探索和努力，哈里进入了诊查室（在探索的过程中发现了地下室里的一个名叫阿莱莎的女孩的病房），却发现是护士丽莎·加兰（Lisa Garland）在里面。丽莎似乎一直在昏迷，也不知道发生了什么事。当哈里问起丽莎医院的地下室到底是怎么回事时，哈里晕过去了。
当他醒来时，房间回复到表世界的样子。这时候老修女走了进来，她叫达利亚·吉雷斯比（Dahlia Gillespie）。她告诉他，小镇快要被黑暗吞噬了，小镇里有另一个教堂，她没有到达那里的能力，哈里旁肢必须代她前往那里。而他见到过的那些印记，是萨麦尔的印记（Mark of Samael）。她留下一条钥匙后便离开了。
哈里按照钥匙上的名字，来到了绿狮古董店（Green Lion Antiques）。在那里哈里找到了一条秘道。正当他要进去时，西玻阻止了他。根据西玻的说法，所有的路都断了，她无法离开寂静岭；她看到雪柔沿着巴克曼路（Bachman Rd）往托卢卡湖的方向走，奇怪的是她如履平地般走过了巴克曼路上的悬崖；而所谓吞噬小镇的黑暗可能是指毒品交易；另外，她并没有看到所谓的里世界。
在哈里的坚持下，他走进了秘道里，并在尽头发现了一个祭坛，祭坛突然冒出火焰，哈里晕了过去。哈里醒来时发现自己回到了里世界医院的诊查室，丽莎说他之前在做噩梦。根据丽莎的说法，达利亚在她的女儿死于火灾之后就疯了，而所谓吞噬小镇的黑暗，是指由于有人要把拥有很多懂得黑魔法的居民的寂静岭开发成度假区，同时越来越多人失踪，因此居民认为是开发者的错。后来开发者们都死于意外，居民们都认为这是诅咒。丽莎意识到自己说了多于的话，于是不再说下去。呆坐了一会儿之后，哈里发现自己身在那个祭坛旁边，他开始搞不清楚到底哪个是梦了。
哈里离开了古董店，打算回去医院问清楚，结果发现自己再次身处满是生锈的铁网的里世界中，而且通往医院的路断了。哈里无奈之下走进了商业中心，只见里面的多屏幕电视上出现了奇怪的符号，随后便出现了雪柔被捆绑在椅子上求救的画面。在寻找道路的过程中，哈里遭遇到了一只大蠕虫，打跑了蠕虫后，哈里打破怪物的包围网，回到了医院。丽莎告诉哈里，学校附近有一条下水道直通湖边，但她不清楚里面是怎样的。哈里决定前去一探究竟。
尽管在下水道里，哈里的收音机不能警告他怪物的存在，但哈里还是成功到达了湖边地区。在寻找雪柔的过程中，他在安妮酒吧（Annie's Bar）救了被怪物袭击的考夫曼医生。哈里再一次询问医生有没有见过雪柔，医生回答没有，然后就离开了散启棚。他似乎落下了一张写有密码的纸条。
（玩家可以让哈里循着纸条的线索，最后在诺曼汽车旅馆Norman's Motel找到驱魔药阿格劳福提斯Aglaophotis，然后被考夫曼抢走。）
哈里漫无目的地搜寻着湖边的度假区，最后在码头的船上遇到了西玻。在他试图解释他对里世界的看法的时候，达利亚走了进来，她说还差两个萨麦尔之印，寂静岭就会被封入深渊中，死人会走在大路上，殉道者会在烈火中焚烧。哈里和西玻决定分头去灯塔和游乐园。然而达利亚似乎并没有交给西玻任何护身符。
哈里赶到灯塔，在灯塔顶上，他果然看到了那个“萨麦尔之印”。而阿莱莎再次在他面前消失了。担心西玻的哈里马上赶往游乐园，他在旋转木马上遇到了坐在轮椅上的西玻。西玻像被附身了一样，站起来袭击哈里。
（哈里可以选择杀死西玻或用在医院得到的红色药水泼西玻。如果救了西玻，哈里会说出雪柔是他在高速公路边捡到的事实，和收养她的原因。）
哈里离开了西玻之后，在游乐园里遇到了那个少女，她用魔法击倒了哈里，然而哈里带在身上的三角锥激活了，然后击倒了她。这时候达利亚出现，和少女说完话之后便带走了她。哈里此时才知道原来少女是达利亚的女儿阿莱莎·吉雷斯比（Alessa Gillespie），自己被达利亚利用了。
阿莱莎的力量失控之后，哈里发现自己在一个和医院相似的混乱的地方醒来。这里就是Nowhere。哈里在这个迷宫里再次见到丽莎，丽莎告诉哈里她终于名字自己和那些怪物其实是一样的，当他一边变异一边恳求哈里救他的时候，哈里虽然很同情她，但还是害怕地逃出了房间。在那个房间里，哈里可以捡到丽莎的日记，得知丽莎被迫照顾不死不活的阿莱莎，由于压力太大而产生了幻觉，为了得到消除幻觉的药，她不得不回去照顾阿莱莎以换取药（毒品PTV）。在一个和阿莱莎的病房一样的房间里，哈里看到了过去的残留映像，达利亚、考夫曼和另外两个邪教的医生的争吵。他们是为了得到神的力量而献祭阿莱莎的，然而阿莱莎一半灵魂逃脱了，因此他们得到的力量少得可怜。达利亚为了迫使另一半灵魂回归，而向阿莱莎施了令她痛苦的魔法。在一个达利亚家的场景里，哈里看到达利亚是如何诱骗单纯的7岁的阿莱莎去举行邪恶的仪式的。
最后哈里解开了最后一道门，来到了献祭的地方。阿莱莎就瘫坐在达利亚身边的轮椅边，而轮椅上是一个绑着绷带的人形，那个大概就是雪柔了。达利亚说出了那个所谓的萨麦尔之印其实是梅塔特隆印章的事实，而且一旦完成，一切都会化为乌有。正当达利亚为雪柔回到阿莱莎的身上而得意忘形的时候……
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