内蒙古医科大学蒙医药学院,其前身是内蒙古医学院中蒙医系,成立于1958年,是全国西医院校中设置民族医学专业最早的系部之一。1980年开始培养全国首批蒙医学专业研究生,2005年和2011年分别与北京中医药大学和天津中医药大学联合培养民族医学(蒙医学)和中药学(蒙药学)专业博士研究生。
2006年经上级批准,成立内蒙古医学院(现内蒙古医科大学)蒙医药学院,成为独立的二级学院。2006年和2007年分别开始招收蒙药专业本科生和护理专业(蒙医方向)本科生。
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