根据上述职责，市教育局设9个内设机构：
（一）办公室
负责局机关各项工作制度的拟订和重要会议的组织安排以及综合性文稿的起草工作；承担文电、宣传信息、提案议案办理、信访、内保、保密、档案、印鉴、政务公开、电子政务、后勤服务等机关行政事务管理工作。负责管理和指导协调局系统计划生育、社会治安综合治理、教育外事等工作。协助管理局机关日常工作。
（二）政策法规科（行政审批科）
负责全市教育改革与发展中重大问题的政策调查研究；拟定全市教育规范性文件；承担有关法律事务和法律法规的宣传教育工作。负责市教育局行政许可审批工作。
（三）组干科（离退休人员服务科）
负责局管干部的管理工作，具体办理干部的选拔任用事宜；负责局属学校党的组织建设；负责行政干部培训的规划、调学和管理工作；负责局属学校党的宣传工作和思想政治工作，指导全市中小学思想政治工作及品德教育工作；贯彻执行老干部工作的方针、政策，落实老干部的政治待遇和生活待遇，协助局关工委、退教协开展工作；负责教育系统精神文明建设、双拥和民族教育工作，做好教育系统统战工作。
（四）人事科
负责全市教育系统人事、机构编制工作；指导全市中等及中等以下学校内部管理体制改革；负责教师队伍的管理、建设和专业技术职称的评审工作；负责组织实施和指导、监督全市中小学、职业学校、幼儿园教师资格认定工作；负责教职工跨地区、跨系统和系统内正常调配工作；协助有关部门做好全市大中专毕业生就业指导工作；负责局机关和局属学校、直属事业单位年度考核、奖惩、岗位设置、人事档案、劳动工资、退休审批及因工评残等管理工作。
（五）计划财务科（基建办公室）
制定全市教育事业发展的中长期规划和年度计划，制定各级各类学校年度招生计划并检查监督计划执行情况；负责编制全市教育系统基本建设中长期规划和年度计划，负责校园总体规划和基建项目的审批工作，并进行全面监督与管理；负责市级教育事业费的安排、使用和管理；会同有关部门拟定学校收费标准，管理国（境）外对我市教育援助资金；负责对全市教育费附加、专项补助费、银行贷款安排使用和管理以及对下属单位的财务审计工作；负责机关和局属单位财务管理和国有资产管理；负责义务教育保障经费的监督和管理工作；协助做好贫困生资助管理工作；承担省、市布置的有关专项统计和抽样调查。
（六）基础教育科
负责普通中小学、幼儿园（含民办学校、工读学校、特殊教育学校）的教育教学行政管理及教学业务指导；组织实施九年义务教育和扫除青壮年文盲工作，负责组织普通中小学、幼儿园教学的检查、评估、经验交流工作；进行普通中小学的教育、教学改革，负责管理幼儿园、小学及其毕业生的升学工作，负责普通高中招生的政策制定和管理工作；参与中专、高校招生的管理工作；协助做好贫困生资助管理工作。
（七）体育卫生艺术教育科
负责管理和指导全市中小学、职业学校、幼儿园（含民办学校、工读学校、特殊教育学校）艺术教育、劳动技术教育、人口教育和国防教育工作；负责教育系统体育、卫生和青春期教育工作，管理学生军训和各种体育竞赛活动。
（八）职业与成人教育科
负责规划与协调全市中等及中等以下职业技术和成人教育工作，拟订职业技术教育和成人教育发展规划并指导实施；负责局属普通中专、职业中学的专业设置、调整的审核与申报工作；负责职业学校、成人中专学校的学籍管理和学历认定工作，负责并指导职业学校、成人学校的教育、教学、行政管理和生产实习、实训基地的建设工作；负责职业技术教育师资培训工作；负责职业学校的招生工作；负责职教专项经费的使用及监督工作。负责组织成人高校、中专以及各级各类成人教育的检查、评估、经验交流工作；承办全市普通高校举办的函授站（点）的审查、报批工作；负责民办教育的评估、发证、管理工作；负责农民教育和专职干部教育的教师培训工作；协助做好贫困生资助管理工作。
（九）蚌埠市人民政府教育督导室
负责对县、区政府和教育行政部门及中等和中等以下各类学校贯彻执行国家教育法律、法规、方针、政策的情况进行监督、检查、评估和指导。督导评估县、区政府及教育行政部门的教育工作、教育管理水平和教育质量，并指导其工作。组织实施对县、区党政领导干部教育工作督导考核制度；组织实施对县、区“两基”教育复查考核工作。制定教育督导工作计划和教育督导评估方案，组织教育督导评估活动；对基础教育课程改革进行督导评估。对义务教育工作执行法律法规情况、教育教学质量及义务教育均衡发展状况等进行督导与监测，并负责拟定督导报告向社会公布。指导下级教育督导机构开展教育督导工作，组织对教育督导人员的岗位培训。开展教育督导理论和实践的科学研究。总结推广教育督导工作经验。对重大教育问题，开展专题调研，并向市政府及有关部门提出建议。
机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作。
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