《东邪西毒终极版》传说中王祖贤戏份初次曝光并没有出现，事实上影片在剪辑上的改动非常微小，变化最明显的地方是画面色彩和音乐。不过即便改动微小，《东邪西毒终极版》还是比旧版更容易让人看懂。 马友友独奏为电影增色 长达4年时间所做的事，就是对画面的修复，一直到片子前往戛纳前的一个星期才停工。对这部十几年前的作品，王家卫找来了外国特技公司，用最新的数码科技一帧一帧地修复。在大银幕上效果非常明显，画面色彩更加浓艳，每一幅画面都宛若油画一般。 在声效方面，原版《东邪西毒》配的是单声道，而《终极版》将其修复成了5.1环绕立体声，十分震撼。 此外就是之前已经有所披露的配乐部分，著名大提琴家马友友为《终极版》重新配乐。事情源于马友友和他的丝路乐队在香港的一次演出，演出结束之后，王家卫觉得马友友音乐的感觉跟《东邪西毒》非常像，于是找上了马友友来帮忙制作了7首新的配乐。谈起马友友的加盟，王家卫说：“影片里马友友有一段独奏。他对整个画面的作用很大，是你想象不出来的那种声音，只有大提琴可以做得出来，非常棒。” 实际上影片的配乐并不是完全脱胎换骨，仍然保留了原来陈勋奇的一些部分，并且马友友拉的一些曲子也是陈勋奇当时为影片制作的音乐。最后呈现在《终极版》中的，前面用的是马友友的，中间用的一些音乐还是陈勋奇的。 后期剪辑调整人物出场顺序 原版《东邪西毒》对王祖贤的戏份剪得是最彻底的，在市面通行版本中只有一个侧脸。之前曾盛传在《终极版》中将首次曝光王祖贤的版本，但事实上并没有，王祖贤还是只有一个侧脸。 整部影片比原版补充的镜头总共还不到一分钟。增加了刘嘉玲在水中骑马的特写镜头，以及一大幅晶莹水珠的画面，以突出林青霞的角色。另外，为了表达对张国荣的敬意，王家卫在影片最后特别为他留了一个镜头。不仅增加的镜头不多，一些武打戏份反而还作了一些删减，比如梁朝伟杀马贼的那场戏就剪短了。比起原版的100分钟片长，《终极版》的片长只有93分钟。 最明显的改动应当是季节变化的画面，配上了字幕：春，夏，秋，冬，然后又是春。从这一细节也许可以看出来，王家卫试图让新版的《东邪西毒》更易懂一些。拍摄《东邪西毒》时，张国荣、梁朝伟、梁家辉、张学友、张曼玉、林青霞、刘嘉玲、王祖贤八大主演中，除了主角张国荣之外，其他镜头都非常零散，使得王家卫、张叔平只好在剪辑时写旁白，好把这些画面串成故事。最后出来的影片线索非常多，使得一些观众不免陷入困惑。15年后王家卫把一些地方重新调整了次序，如回忆里的张曼玉、刘嘉玲、林青霞几个女人出场的次序有些变动，使得《终极版》比以前的版本更容易让人看明白。
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