治疗的目的是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力、美观需求。大多数患者治疗后皮损可以改善或消退，治疗可能会减少HPV感染，但很可能不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣可能自行消退，可能保持不变，也可能增多、增大。虽然治疗可能导致的HPV的DNA减少，但还不清楚这是否会减少未来的传播。虽然治疗后尖锐湿疣的复发机率较高，但是大部分患者通过正确治疗最终都可以实现临床治愈。一般治疗目前的治疗包括医院外治疗及医院内治疗，往往都需要多次治疗。目前没有公认的最佳治疗方案，也没有某种适合所有患者的治疗方案。医院外治疗指在家可自行治疗，主要是咪喹莫特乳膏等局部药物治疗。医院内治疗指在医疗机构由医生开展的治疗，主要是物理治疗和手术治疗等。医生会根据皮损的大小、数量、位置、治疗花费、治疗副作用和患者治疗经历等因素制定个体化的治疗方案，采取综合防治策略，达到最满意的疗效。此外，患者对治疗的偏好、依从性和医师专业水平等也会影响治疗的选择。为了增加疗效，临床医生有时会联合治疗，例如同时选择医院外和医院内治疗。免疫功能低下患者的治疗方法与免疫功能正常者没有差异。不过免疫功能低下的患者中，尖锐湿疣治疗的成功率较低，可能需要更长的疗程和更勤的随访评估。药物治疗医院外治疗可以选择3.75%或5%咪喹莫特乳膏、0.15%或0.5%鬼臼毒素乳膏/凝胶、10%或15%赛儿茶素软膏。上述三种药物是国际上公认的首选治疗药物，其中国内常用、容易购买得到的是咪喹莫特乳膏，其次是鬼臼毒素。医院内治疗可以选择80%~90%三氯乙酸溶液。另外，外用鬼臼树脂和5-氟尿嘧啶对尖锐湿疣有效，但由于副作用明显，不推荐作为首选的治疗。偶尔会使用皮损内注射干扰素治疗尖锐湿疣，不过与其他治疗联合使用才更为有效。系统应用免疫调节剂目前还缺乏明确有效的证据，这类药物有白细胞介素2、卡介菌多糖核酸和胸腺肽等。物理治疗常用的物理疗法包括冷冻治疗、激光治疗、电灼/电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等，这些物理治疗是通过直接的破坏作用清除皮损。氨基酮戊酸光动力治疗（ALA-PDT）是一种药械结合的治疗方法，通过光敏化学药物和特定光线照射达到治疗目的。这些治疗均由医生操作，属于“医院内治疗”。手术治疗当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛、药物及冷冻等治疗无法去除皮损，则可以选择手术切除。手术的成功与尖锐湿疣的数量有关。当数目较少且体积较小时，手术的成功率更高、需要额外治疗的可能性也更小。不过，手术后一般也需要继续药物治疗。如果有高危型HPV引起子宫颈细胞涂片结果异常（提示宫颈细胞异常增生），则可能会进行某些类型的手术。手术时往往需要麻醉，治疗费用通常高于其他方法。另外，手术也可能增加尖锐湿疣扩散的概率，因此患者在手术前应当充分和医生探讨可能的收益和风险，做出最佳选择。中医治疗中医在治疗尖锐湿疣中的地位不容忽视。有报道中医治疗尖锐湿疣、HPV亚临床感染有效安全，但需要相关的专业人员用药，以保证效果和安全性。前沿治疗已有研究证实，下列治疗对尖锐湿疣有效，例如外用硝酸钠联合枸橼酸、分枝杆菌w疫苗、外用氮锌复合物、巨大戟醇甲基丁烯酸酯凝胶和病毒样颗粒免疫疗法等。不过要推广这些治疗之前，还需要进一步的研究。
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